Tahunnya 20XX. Ninja, yang pernah menempa sejarah Jepang, tersebar di seluruh negeri selama Restorasi Meiji. Saat ninja ini berbaur dengan klan lain, garis keturunan mereka menipis, dan mereka perlahan menghilang dari pandangan. Keturunan klan ninja ini, yang berusaha melestarikan warisan mereka, membentuk WNA (Asosiasi Ninja Dunia) dengan harapan dapat meneruskan warisan mereka.
Dan begitulah WNA berhasil mengembangkan Ninja-Gum, sebuah seni yang bisa mengeluarkan kekuatan Shinobi. Namun menciptakan Ninja-Gum yang paling kuat membutuhkan DNA ninja yang paling kuat. Jadi Turnamen Ninjala diadakan, bahwa ninja terkuat dapat ditemukan.
