2 tahun telah berlalu setelah invasi Tendoshuu ke Terminal Pusat O-Edo. Sejak itu, Yorozuya berpisah. Melihat kembalinya Utsuro, Gintoki Sakata mulai mengamati garis ley Bumi untuk mencari jejak Altana orang lain. Setelah bertemu dengan sisa-sisa Tendoshuu yang terus mencari keabadian—Gintoki kembali ke Edo.
Kemudian, Shinsengumi dan Yorozuya yang berkumpul kembali memulai serangan ke Terminal Pusat yang diduduki. Dengan Altana yang diambil oleh puing-puing kapal Tendoshuu dalam bahaya meledak, Yorozuya dan sekutu mereka melawan musuh mereka sementara keselamatan Edo—dan seluruh dunia—bergantung pada keseimbangan. Memenuhi keinginan guru mereka, mantan siswa Shouyou Yoshida bersatu dan menghidupkan kembali masa lalu mereka untuk terakhir kalinya dalam upaya menyelamatkan masa depan mereka.
