Setelah mencapai kemenangan ajaib dalam serangkaian pertempuran melawan Pasukan Britania, Lelouch Lamperouge telah membawa Ksatria Hitam, organisasi paramiliternya, ke negara yang lebih kuat daripada sebelumnya. Tampaknya tidak ada yang mustahil baginya saat dia menggunakan kekuatan militernya, kecerdasannya, dan kekuatan Geass dari kepatuhan mutlak.
Namun, hambatan dalam menghadapi pemberontakan tidak pernah berhenti, menempatkan Lelouch dalam masalah yang sulit. Yang paling mengkhawatirkan, kecakapan tempur Suzaku Kururugi dan penampilan seorang anak misterius bernama V.V. mengancam akan mengakhiri pemberontakan hebat Lelouch.
