Setelah kembali dari wilayah Gundalia dan Neathia yang saling bermusuhan, Danma Kuusou dan para sahabatnya melanjutkan hidup mereka di Bumi. Kini, setahun kemudian, dunia realitas virtual Bakugan Interspace akhirnya pulih dari invasi alien dan sekali lagi menjadi tempat bagi para petarung untuk berkumpul dan menantang diri mereka sendiri.
Namun, ternyata setiap kali Bakugan milik Danma, Pyrus Dragonoid, melepaskan kekuatannya dalam pertempuran, Interspace mengalami gangguan baru. Karena tidak mampu mengendalikan kekuatan luar biasa yang diberikan kepadanya oleh Code Eve—roh Ibu Bakugan—ia kesulitan untuk mempertahankan kendali atas Mechtogan yang ada di dalam dirinya. Ketika lepas kendali, entitas mekanik misterius itu menimbulkan kekacauan di medan perang, menyerang teman dan musuh tanpa terkecuali.
Lebih buruk lagi, Bakugan Interspace berisiko disusupi lagi. Seorang dalang yang tidak dikenal mengirimkan Bakugan Chaos yang bermutasi ke dalam sistem untuk mencuci otak para petarung dan mengambil alih kendali dunia virtual tersebut. Dalam mengantisipasi konfrontasi yang tak terhindarkan, Danma harus menemukan cara untuk menahan kekuatan penghancur Mechtogan dan mengumpulkan kembali Battle Brawlers.
