Perang Cawan Suci: pertempuran sengit antara penyihir di mana tujuh tuan dan pelayan mereka yang dipanggil berjuang untuk Cawan Suci, artefak magis yang dapat mengabulkan keinginan pemenang apa pun. Hampir 10 tahun yang lalu, pertempuran terakhir dari Perang Cawan Suci Keempat mendatangkan malapetaka di Kota Fuyuki dan mengambil alih 500 nyawa, membuat kota itu hancur.
Shirou Emiya, yang selamat dari tragedi ini, bercita-cita menjadi pahlawan keadilan seperti penyelamat dan ayah angkatnya, Kiritsugu Emiya. Meskipun hanya seorang siswa, Shirou terlempar ke Perang Cawan Suci Kelima ketika dia secara tidak sengaja melihat pertempuran antara pelayan di sekolah dan memanggil pelayannya sendiri, Saber.
Ketika bayangan misterius memulai pembunuhan besar-besaran di Kota Fuyuki, Shirou menyelaraskan dirinya dengan Rin Toosaka, sesama peserta dalam Perang Cawan Suci, untuk menghentikan kematian banyak orang. Namun, perasaan Shirou untuk teman dekatnya Sakura Matou membawanya lebih dalam ke rahasia gelap seputar perang dan keluarga yang bertikai yang terlibat.
